產業園作為一種政府搭臺、企業唱戲的組織形式，在各地區的管理模式和運作模式上具有很大的差別。
管理模式之別
從開發區的管理模式上看產業園，可分為行政主導型、公司治理型和混合型三種管理模式。
行政主導型在開發區建設的早期比較常見，那時候很多產業園具有很強的政府宏觀調控職能，由政 府主導進行建設初期的資源投入和規劃，在園區建成后也是實行行政管理和服務職能。
行政主導型還可以細分為兩種小模式，橫向協調型和集中管理型。
橫向協調型是由所在城市的政府全面領導園區的建設與管理，設置管理委員會，成員由原政府的行業或主管部門主要負責人組成，園區內各類企業的行業管理和日常管理仍由原行業主管部門履行，管委會只負責在各部門之間進行協調，不直接參與開發區的日常建設管理和經營管理。所在區縣政府負責園區內的公安、消防、衛生、網點等的管理。園區管委會其實也是政府部門，具有相應的級別，對政府其他相關部門進行橫向協調時也是使用政府公務員級別身份。
比橫向協調型出現稍晚的是集中管理型。由市政府在園區內設立專門的派出機構——管委會，負責全面管理園區的建設和發展，具有較大的經濟管理權限和相應的行政職能。管委會可自行設置規劃、土地、項目審批、財政、稅務、勞動人事、工商行政等部門，可享受城市的各級管理部門的權限，同時也接受主管部門必要的指導和制約，體現了“小政府、大社會”的特點。這種方式給予了管委會更大的職權，與相關管理部門的很多協調工作變成了直接管理事務，提高了園區的管理效率。但問題是管委會的政府色彩更加濃厚，一些需要企業運作的事情基本不可能實行。
行政主導型產業園的特點是產業園的政府性質非常濃厚，具備很強的行政職能。園區內的稅務、公安、工商、勞動人事等政府職能均由園區管委會進行管理。園區的開發、管理問題解決了，但是園區的發展問題卻顯得薄弱。隨著中國經濟發展的變化，開始出現了一些更具公司管理特征的園區。
公司治理型又被稱為企業型管理模式。這種管理模式主要是以企業作為開發區的開發者與管理者。目前在縣、鄉(鎮)級的開發區和高新區中使用的較多?？h、鄉政府并不設立派出機構，而是通過建立開發公司作為經濟法人，組織園區內的經濟活動，并承擔部分政府職能，如協調職能等?？偣局苯酉蛩诘貐^政府負責，實行承包經營，擔負土地開發、項目招標、建設管理、企業管理、行業管理和規劃管理等職能，而園區的其他管理事務，如勞動人事、財政稅收、工商行政、公共安全等，主要還是依靠政府的相關職能部門。把政府職能還給政府，成立投資公司進行園區投資、開發、管理。這種管理模式的特點是職能清晰，規避了政府和企業雙重身份的問題。
行政主導型與公司治理型其實是兩種相對極端的狀況，我們更常見的是混合型模式，政府部門既設立了園區管委會，又成立了投資開發公司，管委會負責政府行政管理職能，投資開發公司負責企業運作職能?；旌夏Ｊ皆O立的方式也非常復雜，有管委會下設投資公司的模式，也有管委會和投資公司平級設立的模式。
園區管理模式大趨勢是在走企業化的方向，招商引資，和企業一起搭臺、一起唱戲。然而目前還沒有一種確定的管理模式作為最優的方式。其中混合管理模式比較多見，但是混合管理模式之中管委會和投資公司又采用什么結構設立也是值得思考的問題。
運作模式之異
政府部門在對園區進行不同定位的同時，園區也會產生五種不同的運作模式。
1、政府運作模式
這里的政府運作模式與前面所說的行政主導型園區有關聯，但卻是不同概念。政府運作模式往往在行政主導型園區比較常見，園區由政府投資開發，園區為入駐的公司提供一些稅務代理、行政事務代理的服務，然后收取一些服務費用，同時政府部門也會給園區一些招商代理費用和稅費收取的優惠。政府運作模式適合于一些規模小，管理簡單的園區。對于一些大型的園區，這樣的運作模式無法保證園區的長期運作。廣州天河軟件園就屬于這類運作模式。
2、投資運作模式
投資運作模式是通過政府投資建設園區，然后通過房租、固定資產等作為合作資產，孵化有發展潛力的中小企業，在企業獲得成長后引入外部戰略投資者或上市，實現資產增值并收回投資。這是一種長期投資的理念，園區在中短期很難有可見的回報，但是對于一個區域的經濟發展具有很強的推動作用，因為園區的發展是建立在企業投資成功的基礎上的。浦東軟件園就屬于這一模式。
3、服務運作模式
隨著經濟的發展，只是投資還是不能滿足很多企業的需要，很多企業對園區的服務環境提出了更多的要求。在這個基礎上出現了服務運作模式的園區。園區為入駐企業提供人才招聘、人才派遣、信息提供等軟服務，為企業提供更佳的生存發展環境。服務運作模式強化了園區與企業的合作，增加了園區的收入渠道。杭州軟件園就屬于這一類運作模式。
4、土地盈利模式
隨著近十年中國房地產市場的熱起，土地增值的盈利能力遠遠超過了很多行業的盈利水平。一些園區獲得了土地收儲、初步開發、拍賣的功能，所以一些園區通過控制大面積的土地，在進行初步開發后，短期內提升土地的價值，然后進行地產開發或轉讓。這種模式更像一個有規劃的地產開發商，獲利能力非常的強大，同時也為園區后期的開發奠定了雄厚的財力基礎。這方面做的比較好的是中關村軟件園。
5、產業運作模式
一些重要的開發區其實承擔了調節、完善、強化區域產業鏈運作的作用，園區設立的目的就是要做一個產業鏈，比如一些新能源產業園、創意產業園、物流產業園等，這些產業園在投資初期就會進行招商引資，引入企業資本一起搭臺，然而園區也做好了與企業一起唱戲的準備。園區會對一些有實力的入駐企業進行投資，甚至直接投資一個全資公司在園區內運作一個重要的產業項目。這種運作模式的產業園往往要具備三種職能：行政職能、服務職能和企業投資運作職能。對園區的管理能力和運作能力都提出了很強的要求。例如重慶的兩江國家開發區，規劃多個產業一起運作，有招商、有投資、有獨資，運作復雜，然而一旦建成將在很大的區域內形成壓倒性的產業優勢。